Marguerite van Berchem, fille aînée de Max, est née en 1892. Pendant la Première Guerre Mondiale, elle se porta volontaire auprès du Comité international de la Croix-Rouge et fut une des initiatrices de l'Agence des prisonniers de guerre. Après la guerre, elle s'intéressa à l'art des mosaïques, qu'elle découvrit grâce à l'historien français Etienne Clouzot. Ensemble, ils publièrent en 1924 Mosaïques Chrétiennes du IVe au Xe siècle. L'orientaliste britannique K.A.C. Creswell requit alors sa collaboration pour l'étude des mosaïques du Dôme du Rocher à Jérusalem et de la Grande Mosquée des Omeyyades à Damas; sa contribution parut en encart de Early Muslim Architecture en 1932 (édition revue et corrigée en 1969).
Après la Deuxième Guerre Mondiale, pendant laquelle elle consacra à nouveau toute son énergie à la Croix-Rouge, elle dirigea des fouilles de 1950 à 1952 dans le Sahara algérien où elle explora les ruines de Sedrata, l'ancienne capitale des Ibadites. Parmi les objets les plus remarquables mis au jour se trouvent des sculptures en stuc d'un grand raffinement.
Son dernier ouvrage fut La Jérusalem musulmane dans l'œuvre de Max van Berchem (1978), avec Solange Ory, un hommage à la mémoire de son père pour qui elle éprouvait une profonde admiration.
Dans les dernières années de sa vie, Marguerite van Berchem s'intéressa au vaste héritage scientifique, largement inexploité, que son père avait laissé. C'est pour le mettre en valeur qu'elle constitua en 1973 une fondation privée ouvrant ainsi une nouvelle dimension aux études arabes et islamiques en Suisse et une nouvelle source d'information aux chercheurs.
Les archives Max van Berchem, qui fournissent des informations essentielles sur une large période de l'histoire, contiennent :
- plus de 5'000 photographies, prises principalement entre 1888 et 1895, représentant des sites archéologiques, des monuments, des inscriptions, des éléments de décorations, des objets d'art, des scènes ethnographiques ;
- une collection d'estampages reproduisant plusieurs centaines d'inscriptions arabes ;
- des inscriptions mobilières relevées sur des armes, des objets d'art, plats, coupes, aiguières et chandeliers, meubles, lampes et tapis ;
- une riche documentation manuscrite concernant l'épigraphie, l'archéologie, et des relations de voyage avec plans, croquis et cartes ;
- 5'000 lettres adressées à Max van Berchem, s'échelonnant sur quarante ans d'activité; de nombreuses lettres de Max van Berchem à ses correspondants ont pu en outre être récupérées (la correspondance est conservée à la salle des manuscrits de la Bibliothèque de Genève).
Les archives sont encore consultées régulièrement par les chercheurs. Sur la base de ces documents, de nombreux textes historiques et événements peuvent être établis ou vérifiés. Les archives sont ainsi un témoignage de l'aspect des sites, monuments et inscriptions tels qu'ils étaient à l'époque islamique.